商鞅第二次变法主要是在军事、政治和经济领域，进一步剥削了旧贵族们的特权和利益。他们可以说恨透了商鞅，但秦孝公嬴渠梁对商鞅非常重视，他们也只能忍着不敢动手。他们依然没有放弃用谈判的手段去解决商鞅变法对他们利益造成影响的问题。
旧贵族代表赵良通过孟兰皋与商鞅见了一面，希望商鞅“退位让贤”，希望她放弃新法改革，还顺带威胁了商鞅。
商鞅对于威胁自然是不怕的，因为他的变法让秦国很快强大起来，国力迅速提升。秦国虽然因变法而迅速强大，可是并没有孕育出能与旧贵族集团相抗衡的军功贵族集团和新地主阶级；因为旧贵族势力实在太大，所以无论如何商鞅的死都是必然的。
旧贵族们一直在等一个机会，这个机会就在秦孝公离世后到来了，秦惠文王即位，秦惠文王与秦国变法大臣商鞅有着不少的恩怨龌龊。商鞅之前还要对秦惠文王采取刑法处置，但毕竟是太子，商鞅只是刑罚了秦惠文王的老师，但这也让秦惠文王的自尊受到极大损害。
因此秦惠文王即位后，旧贵族们就三波商鞅欲谋反的谣言，秦惠文王派人前去缉拿归案，但商鞅可能已经料到，早就做好准备出逃，一路东逃，但连住的地方都没有，因为新法规定不能留宿无证件的人。
无处藏身的商鞅最后来到魏国，但魏国边关守将拒绝商鞅的入城，一是怨恨商鞅打败魏国，夺走河西地，二是担心秦国的报复。商鞅只能逃回自己的封地商於，负隅顽抗，看看能不能鱼死网破，奈何变法后的秦国实在太强大了，商於之兵根本无法与秦国正规军相比，一击即溃，商鞅被秦军俘获。
被抓后的商鞅立马受刑，一家老小也无一人幸免。不过秦惠文王并没有重用公子虔等旧贵族，仍然遵循着新法中的“有功者显荣，无功者虽富无所尊华”的人才重用和选拔原则。商鞅之法，直至秦朝灭亡前夕还用着。
要说商鞅变法和商鞅之死的最大得利益者，还是秦国君主秦惠文王，一个强大的秦国交到他手中，商鞅之死平息了旧贵族的积攒了二十年的怨恨，也取得了杀人立威的效果，更除掉了一个制衡自己、能威胁到自己权势地位的重臣。秦惠文王是相当开心的，根本没有再次起用那些旧贵族的必要，重用他们还会给自己和秦国添堵。
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